A Szigetköz kialakulása a földtörténeti múltban 2,5-3 millió évvel ezelőtt a harmadkor (tercier) és a negyedkor (quartier) határán kezdődött. Ekkor ömlött le a Pannon-tenger elhagyatott medencéjébe az Ős-Duna roppant vízmennyisége. A síkságon szétterülő víz nem tudta hordalékát tovább görgetni és nagy részét lerakva szigeteket, zátonyokat épített. Közöttük sok ágra szétválva folyt tovább. Évezredekkel ezelőtt ezen a területen beltenger vize hullámzott. A geológiai körülmények folytán a víz (a Duna) megtalálta mai útját, illetve folytatódott a sík terület feltöltődése. A folyó nagy esésű része a hegyvidékről (Alpokból) itt a síkságra (Pannónia) került. A folyás lelassult, s ezzel a hordalékmozgató képessége is lecsökkent. Lerakta hegyvidékről görgetett kavicsot, amely több száz méter vastaggá vált. Ezen a hordalékkúpon szanaszét ágazó mederrendszer vonalai alakultak ki.